应用分子钟也是一种手段，但误差比较大。
在早期进化事件的研究中，分子钟给出了独立于化石记录的证据。
根据分子钟分析，格尔木种群和榆中种群是大约在20万年前与其他种群产生分歧的。
知道了这四个种族已经有至少一万年历史，科学家重新计算了病毒的“分子钟”，测量病毒的变异速度。
所以化石与分子钟之间的差异仍然没有消除。
他们的分子钟数据证实更早的时候就出现了物种分化，可能是1亿2千万年前冈瓦纳古陆的破裂引发的。
已知止血和血管完整性的相关基因受昼夜摆动的影响，但分子钟在血栓形成过程中的作用尚有待确定。
因此，超氧化物歧化酶作为分子钟或分子标记已被广泛应用于生物进化研究、群体遗传结构分析以及品系鉴定。
通过科研人员校对“分子钟”，数据显示出该驯化水稻在大约8200年前的原始稻种。
Worobey擅长用一种名为“分子钟”的仪器跟踪病毒，在会议上他说：“这病毒不知不觉中很可能已经传播了10年。”。
然而，利用分子钟方法所得出的不同门类起源时间总是早于化石记录，因此分子钟与化石记录的矛盾仍十分突出。
之后，科研人员使用一种叫做“分子钟”的技术将遗传数据置入水稻的进化史中。
Worobey擅长用所谓的"分子钟"方法跟踪病毒，在会议上他说："这种病毒不知不觉中很可能已经在猪身上传播了10多年。"。